Las alergias alimentarias tardías pueden causar casi cualquier síntoma , y las enfermedades crónicas suelen implicar un estado de alerta inapropiada del sistema inmunitario en el que la alergia alimentaria está implicada, aunque no sea la causa principal. Por alguna razón, el sistema inmunitario puede quedarse en un estado de alerta máxima y reaccionar de forma exagerada, lo que provoca síntomas inflamatorios crónicos que persisten e incluso empeoran mucho después de que el desencadenante inicial haya desaparecido. Cuando esto ocurre, el sistema inmunitario puede desarrollar una actitud extrañamente agresiva hacia diversos antígenos, o sustancias extrañas en el cuerpo, muchas de las cuales se encuentran en los alimentos que consumimos.
El trigo y otros alimentos que contienen gluten y productos lácteos pueden dar positivo en las pruebas de alergia alimentaria IgG, pero esto produce efectos que en realidad no son alérgicos, sino que están mediados por mecanismos que tardan semanas o meses en aliviarse tras la eliminación de dichos alimentos.